Os perigos químicos nos alimentos podem ter diversas origens, desde perigos das própria matérias primas ou introduzidas durante a manipulação ou contaminação das matérias primas utilizados, tal como os pesticidas, medicamentos veterinários, aditivos alimentares, metais pesados, químicos introduzidos no processo, alérgenos e toxinas naturais.
O efeito dos alimentos alergénicos pode ter um efeito a curto prazo no organismo, por outro lado, as substâncias como o mercúrio, podem permanecer no organismo durante anos.
Quando são utilizados químicos na produção de alimentos estes devem estar de acordo o regulamentado, bem como o uso de embalagens recomendadas para os alimentos, detergentes e desinfetantes. Os resíduos de limpeza podem permanecer nos utensílios e nas superfícies de trabalho e podem ser transferidos ou salpicar os alimentos durante a limpeza das instalações e utensílios. Deve usar-se químicos de limpeza não tóxicos, adaptar procedimentos de limpeza e formação adequada aos trabalhadores.
No que respeita aos pesticidas, a produção biológica, por restringir os químicos de síntese, reduz o risco de contaminação química dos alimentos. O REGULAMENTO DE EXECUÇÃO (UE) 2021/1165 DA COMISSÃO, de 15 de julho, autoriza a utilização de determinados produtos e substâncias na produção biológica e estabelece as listas respetivas
Na manutenção das máquinas e equipamentos, quando é necessário lubrificar as partes móveis, de forma a evitar a contaminação alimentar. deve ser utilizado o mínimo de óleo ou de lubrificante . O aumento da poluição, os equipamentos, os utensílios e recipientes para confeção; as superfícies de trabalho, o armazenamento, a água utilizada no processamento dos alimentos, podem levar à contaminação por metais pesados.
Na produção de alimentos de origem animal, tem-se ainda o uso de hormonas, de reguladores de crescimento e antibióticos (que no caso do modo de produção biológico, está sujeito a elevadas restrições), que podem passar para os alimentos e conduzir por exemplo, a alergias alimentares.