A preparação de alimentos biológicos pode incluir uma ou mais atividades sobre os produtos biológicos frescos nomeadamente: o condicionamento, a transformação, a armazenagem e a comercialização.
Para evitar a mistura entre produtos biológicos e produtos não biológicas, bem como a contaminação por produtos ou substâncias cuja utilização na produção biológica não esteja autorizada, são necessárias medidas de precaução. Pelo que o preparador de alimentos biológicos precisa de garantir em todas as fases:
- uma separação no espaço e ou no tempo dos produtos não biológicos, sempre que ocorra juntamente com produção não biológica;
- que pelo menos 95% (em peso) dos ingredientes agrícolas de um alimento transformado sejam biológicos
- o cumprimento das normas em matéria de rotulagem e de utilização do logótipo biológico;
- que os aditivos e auxiliares tecnológicos estão autorizados para a produção biológica e que cumprem os limites específicos aos alimento para consumo humano e animal