A agricultura biológica é regulamentada na União Europeia desde 1991.
O primeiro regulamento comunitário para a agricultura biológica, foi o Regulamento (CEE) Nº. 2092/91 do Conselho, de 24 de Junho, relativo ao modo de produção biológico de produtos agrícolas e à sua indicação nos produtos agrícolas e nos géneros alimentícios. Este regulamento da CEE indicava o método de produção biológica apenas para produtos agrícolas, excluindo o sector da pecuária e a produção de vinho e azeite, incluídos em regulamentos posteriores. Em vez disso, o procedimento e as regras para a rotulagem e controle dos produtos biológicos já foram indicados.
Em 1999, surge o Regulamento (CE) Nº 1804/99 sobre a produção animal proveniente da agricultura biológica. Nesta legislação, é dada grande importância à rastreabilidade completa dos alimentos e à transparência da produção e comercialização.
Em 2007 o Regulamento (CE) Nº 834/2007 revogou os regulamentos anteriores de 1991 e 1999. Neste regulamento de 2007, a aquicultura também foi incluída como produção animal de alimentos de origem biológica. O regulamento estabeleceu um quadro jurídico para os produtos biológicos, os objetivos e os princípios gerais de base à agricultura biológica e ilustrou as regras relativas à produção, à rotulagem, aos controlos e às trocas com países não pertencentes à União Europeia (UE). O Regulamento (CE) nº 889/2008 da Comissão de 5 de Setembro de 2008, veio estabelecer normas de execução, relativo à produção biológica e à rotulagem dos produtos biológicos, no que respeita à produção biológica, à rotulagem e ao controlo do Regulamento 834/2007. Este último foi alterado pelo Regulamento da (UE) N.º 203/2012 da Comissão, de 8 de março de 2012, no que respeita ao vinho biológico.
O Regulamento atualmente em vigor é o Regulamento (UE) 2018/848 do Parlamento Europeu e do Conselho, de 30 de maio de 2018, relativo à produção biológica e à rotulagem dos produtos biológicos, com revogação do Regulamento (CE) n.º 834/2007 do Conselho. Este Regulamento só entrou em vigor a 1 de janeiro de 2023, depois de alguns adiamentos, também justificados pela pandemia Covid 19. O Regulamento continua a incluir como no anterior, produtos agrícolas vivos ou não transformados, incluindo sementes e outro material de reprodução vegetal e produtos agrícolas transformados destinados a serem utilizados como géneros alimentícios e alimentos para animais. O presente Regulamento é aplicável aos produtos provenientes da agricultura, incluindo também a aquicultura e a apicultura, e aos produtos provenientes desses produtos, quando os mesmos sejam, ou se destinem a ser, produzidos, preparados, rotulados, distribuídos, colocados no mercado, importados para a União ou exportados a partir da União. Inclui ainda em anexo uma lista de novos produtos:
- leveduras utilizadas como géneros alimentícios ou alimentos para animais,
- mate, milho doce, folhas de videira, palmitos, rebentos de lúpulo e outras partes semelhantes comestíveis de plantas e de produtos deles derivados,
- sal marinho e outros sais para géneros alimentícios e alimentos para animais,
- casulos de bicho-da-seda próprios para fio,
- gomas e resinas naturais,
- cera de abelhas,
- óleos essenciais,
- rolhas de cortiça natural, não aglomerada e sem aglutinantes,
- algodão, não cardado nem penteado,
- lã, não cardada nem penteada,
- peles em bruto e não tratadas,
- preparações tradicionais à base de plantas.
O presente Regulamento considera pela primeira vez a possiblidade de certificação por grupo de operadores.