A UE mantém um sistema rigoroso de controlo e execução para garantir que as regras e regulamentos relativos aos produtos biológicos estão a ser devidamente seguidos. Uma vez que a agricultura biológica faz parte de uma cadeia de abastecimento mais vasta que engloba os setores da transformação, distribuição e retalho de alimentos, estes também estão sujeitos a controlos.
Cada país da UE nomeia «organismos ou autoridades de controlo» para inspecionar os operadores da cadeia alimentar biológica. Os produtores, distribuidores e comerciantes de produtos biológicos devem registar-se junto do seu organismo de controlo local antes de serem autorizados a comercializar os seus alimentos como biológicos. Depois de terem sido inspecionados e verificados, ser-lhes-á atribuído um certificado para confirmar que os seus produtos cumprem as normas biológicas.
A maneira mais confiável de reconhecer se um produto é biológico e produzido na Europa é através do logotipo oficial da UE. A folha branca sobre um fundo verde significa que as regras da UE em matéria de produção, transformação, manuseamento e distribuição foram seguidas e que o produto contém pelo menos 95% de ingredientes biológicos. Este logótipo europeu só pode ser utilizado em produtos que tenham sido certificados por uma agência ou organismo de controlo autorizado. Alguns países europeus também criaram os seus próprios logotipos biológicos
Todos os operadores são controlados pelo menos uma vez por ano para se certificarem de que continuam a cumprir as regras. Os alimentos biológicos importados estão também sujeitos a procedimentos de controlo para garantir que também foram produzidos e enviados de acordo com os princípios biológicos